Neprijatelji kornjača su različiti od vrste do vrste, a jako ovise i o njenoj starosti. Dok su legla kao i tek izležene kornjače su bespomoćno izloženi na milost i nemilost čak rakovima i pticama, za ozbiljno ugrožavanje odrasle kornjače potreban je netko velik i snažan kao krokodil. Kornjače ozbiljno ugrožavaju i ljudi. U nekim dijelovima ljudi jedu morske- ali i slatkovodne- i kopnene kornjače . Osim toga, ljudi pljačkaju i jedu i kornjačina jaja. Kako se radi uglavnom o krivolovu, populacije se, zbog dugog razdoblja do spolne zrelosti, sporo oporavljaju pa se neke vrste nalaze na rubu izumiranja.
 

Razlika između spolova može se relativno lako utvrditi. Spolni otvor se kod ženki uvijek nalazi bliže oklopu nego kod mužjaka. Dok neke vrste kornjača izvan razdoblja parenja veći dio godine provode odvojeno po spolovima u različitim ekološkim nišama , u vrijeme parenja nalaze put jedni do drugih. Kod vrsta koje žive u području umjerene klime vrijeme parenja je u proljeće i u jesen. Kod vrsta koje žive u tropskim i suptropskim područjima, vrijeme parenja ovisi o vlažnosti zraka, što jako otežava uzgoj u kontroliranim uvjetima izvan tih klimatskih područja. Nakon oplodnje, ženka ostaje plodna više godina, čime se može objasniti velika uspješnost kornjača kod naseljavanja novih životnih prostora (npr: otočje Galopagos).
 

Polaganje jaja slijedi nekoliko tjedana nakon oplodnje, ili, u umjerenim klimatskim područjima, u proljeće. Njihova jaja se svojim osobinama značajno razlikuju od vrste do vrste. I broj jaja je jako različit. Od samo tri jaja kod jedne vrste, pa sve do više od 100 jaja kod morskih kornjača . Polaganje jaja se događa isključivo na kopnu. Kad skotna ženka pronađe odgovarajuće mjesto, iskapa jamu i u nju polaže jaja. Zatim zatrpava leglo zemljom, pijeskom ili biljnim materijalom.
 

Danas postoje dvije glavne moderne grupe kornjača:

1. Razvoj kornjača koje uvlače vrat i glavu u oklop (Craiptodira) počeo je u razdoblju jure prije 180 miliona godina i danas su zastupljene sa 13 porodica. Vratni kralješci ovih životinja su posebno građeni na način, da se kralježnica može saviti u obliku slova S i tako omogućava povlačenje glave u zaštitu oklopa.

1. Kornjače koje savijanjem vrata u obliku slova S sklanjaju glavu postrance pod oklop (Pleurodira) su, povijesno gledano, mlađi podred jer su se razvile tek u razdoblju krede i danas su zastupljene s dvije porodice.
    

Ugroženost zbog promjene okoliša

Životni prostor mnogih vrsta kornjača je ugrožen. Kopnene kornjače na njihovim prastarim područjima mnogi poljoprivrednici smatraju štetnicima često ih ubijaju. Mnoge ceste presijecaju njihov životni put i zbog toga nažalost veliki broj kornjača strada od jaja

Neke kornjače se smatraju delikatesom pa ih ljudi intenzivno love.  Posljednih godina se sa zabrinutošću promatra, kako se velike količine kornjača (uglavnom slatkovodne nude na tržnicama Jugoistočne Azije. Smatra se, da su neke vrste u prirodi neposredno pred izumiranjem. Zadnjih desetak godina se u Kini osnivaju farme za uzgoj kornjača radi pokrivanja potreba tržišta kako bi se prekinuo ili bar značajno smanjio njihov ulov i  izvlačenja iz prirodnih staništa              
 

Mjere zaštite kornjača

Kako bi se pružila pomoć u nevolji Jugoistočnoj Aziji, koordinirano se u mnogim zoološkim vrtovima provodi vrlo zapažen projekt uzgoja kornjača s tog područja u zatočeništvu.

Također, kako bi se skrenula pažnja na ugroženost te vrste, koju se inače kolokvijalno naziva još i živim fosilima , 23. svibanj je proglašen Međunarodnim danom kornjača.